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針對業界提出房地合一稅改要從最簡單的持有稅做起，即調高房屋稅和地價稅等稅目，財政部表示，這波不動產稅改主要鎖定的是買賣房地產的資本利得稅，將在所得稅上進行改革，若驟然全面調高不動產持有稅，持有房屋的民眾稅負恐過重，且影響範圍將更為擴大。因此將優先處理買賣不動產，必須房地合一課徵所得稅。

財政部高層表示，我國對買賣不動產採房地分開課稅，在稅制設計上是獨步全球，全世界沒有國家這樣做，這也導致許多買賣不動產的資本利得課不到稅，為了防杜逃稅漏洞及健全稅制，有必要進行不動產資本利得稅的改革。

外界期待加重不動產持有稅，以抑制炒作歪風，立委曾巨威對此表示，房屋稅、地價稅等持有稅，屬於地方政府所管轄的財產稅，一旦全面調高，等於擁有不動產的民眾，每年所繳稅負將因此增加，而增加的稅收又只歸入地方，長久下來將「嗑掉老本」，會吃掉我國課稅的稅本。

財政部官員說，不動產稅改分為三部分，持有稅方面，立法院上會期才剛三讀通過，調高非自住房屋的房屋稅稅率，已獲初步成果，反觀買賣不動產的高額利潤，不僅炒高房價，所繳稅負也低，才是民怨積累之所在，因此將優先處理買賣不動產必須房地合一課徵所得稅。

不過，財政部的說法也引起稅改團體的質疑。房市改革行動聯盟揣測，因推動「資本利得實價課稅」阻力可能較小，而持有稅牽動範圍較廣，因此財政部暫不提及。

房改盟表示，不動產稅改如僅交易稅房地合一，持有稅卻仍以公告價格為稅基，改革恐將未竟全功，建議政府將大量估價應用於不動產評價，以進行全面稅基重估作業，並以一年為期，檢討與修訂房屋稅條例、土地稅法、土地法、平均地權條例、所得稅法及相關法律，並以實際交易價格作為不動產相關稅制的基礎，才是正本清源之道。